组织架构
中心采用以企业为主体、产学研相结合的建设模式，依托高校资源，构建了支撑现代工业设计开发的完整硬件环境与设备体系，下设六大功能中心：
现代工业设计信息分析中心：面向产业与技术动态的设计情报分析；
色彩研究中心：面向产品CMF的色彩科学研究和应用；
计算机辅助设计中心：数字化、智能化的设计工具与平台支撑；
模型手板中心：产品原型快速制作与验证；
产品评估中心（虚拟现实评估中心）：基于VR技术的产品体验与评估；
产品创新中心：面向企业的产品创新策划与服务。
在人才治理上，中心从学科首席教授、科研团队负责人（含专业负责人、工作室负责人等）中抽调骨干担任工程中心管理人员，按阶段设定各梯队建设任务，明确任务目标；每位成员明确其在团队和研究工作中的科研分工，按阶段达成并完成任务目标。
运行机制
1. 开放运行机制
中心始终实行开放运行机制，是实验教学与师生项目管理的主要场所。全面开放工程中心、面向企业开放、多学科交叉使用，是建设开放式中心的必然路径。为此，中心制定了《现代工业设计工程中心开放管理规定》，彻底改革传统工程中心管理模式，鼓励企业参与中心建设与使用，开展各类创新实践活动和研究性设计。
中心实验基础条件实现了质的飞跃：大面积设立开放式研究性实验，以其综合性、新颖性、实用性和探索性吸引大批企业参与；累计面向全社会开设"开放式研究性"实验项目156个，年参与人数达600余人，多位学生在"挑战杯"等课外科技竞赛中获省级和国家级奖励。
2. 管理制度
中心建立了完善的管理制度体系，制定了实验工作条例、实验室管理工作条例，中心开放管理制度、安全规则等一系列规章制度和管理文件，形成了服务于多学科、多专业、多项目的运行机制。
3. 质量保证体系
中心的基本任务是当好江苏企业转型升级的孵化器，加深企业对工业设计基本理论的认识和理解，培养工程师的科学精神、科学态度、科学作风以及分析问题、解决问题的能力和创新精神。中心严格遵照各项条例执行，接受南京理工大学的全面监督，确保各项项目的质量、规范和效果。